Emmanuelle Bouillot fait ses études musicales au Conservatoire National de Région de Dijon. Elle obtient en 1991 une médaille d’or de piano dans la classe de Cyril Huvé, un premier prix de perfectionnement en 1993 dans la classe de Boris Nedeltchev, ainsi que plusieurs récompenses dans les classes de musique de chambre et d’écriture.

En 1994, elle suit un cursus de perfectionnement au conservatoire national de région de Versailles, où elle obtient un premier prix de piano à l’unanimité avec félicitations du jury.

A l’occasion de stages et de classes de maîtres, elle bénéficie également de l’enseignement d’Eliane Richepin, d’Yvonne Loriod, de Peter Frankl et de Claude Helffer.

En 1996, elle entre au Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Lyon dans la classe de piano de Roger Muraro, où elle travaille également avec son assistant Thierry Rosbach.
Elle y obtient, en juin 2000, son certificat d’études supérieures avec la mention très bien à l’unanimité.


En mars 2001, elle est demi-finaliste du Concours International de Piano d’Epinal.


Elle se produit dans diverses formations de musique de chambre, dont l'Ensemble Métamorphoses fondé par l'altiste Manon Ténoudji en 2018, le triOxalis aux côtés de Virginie Millour et de Mathieu Schmaltz, et le duo « Soleil-Cerise » à 2 pianos avec Vinca Bonnaud. Elle interprète par ailleurs en soliste un vaste répertoire . Elle a notamment participé à de nombreuses créations d’œuvres contemporaines (Baschet, Clouteau, Pattar, Borel…).
Elle se produit régulièrement comme soliste avec orchestre (Orchestre symphonique du Creusot–Montceau-les-Mines sous la direction de Michel Bécard, Orchestre du Conservatoire d’Annecy dirigé par Jean-Paul Odiau, Ensemble Orchestral Dijonnais dirigé par Flavien Boy, OSIEM 21 dirigé par Luc Bouhaben).

Elle donne de nombreux concerts en France (entre autres : "L'Embarcadère" à Lyon, Festival Why note à Dijon, concerts réguliers aux Musicales en folie de Fontaine-lès-dijon, concerts à  Annecy, Menton, festival de Tournus en quatre mains avec Roger Muraro, péniche-opéra à Paris, festival Olivier Messiaen à la Meije, Festival Orgue en ville de Besançon, Les Nuits d'été du Lac d'Aiguebelette). Elle joue également à l’étranger (Allemagne, festival de Salzbourg en Autriche). 

   
En 2001, pour commémorer les 20 ans de l’abolition de la peine de mort en France, elle a participé à deux spectacles avec comédiens : un récital piano – lecture, intitulé « Ce petit pan de bleu que nomment ciel les condamnés », écrit à partir de textes de Victor Hugo, d’Oscar Wilde, et de lettres de prisonniers, sur des musiques de Debussy, Ravel, Bartok, Liszt, Messiaen ; Le second spectacle, « A mort », était une adaptation pour le théâtre du roman de Victor Hugo « Le dernier jour d’un condamné », par l’auteur et comédien Patrick Grégoire. La musique proposait des extraits de Murail, Chopin, Liszt.